La leyenda cholulteca cuenta que es hijo de Popocatépetl e Iztaccíhuatl, que a partir del encuentro de ambos el primero liberó su ira y amor en una erupción, creando así la manifestación de su gran poder: el volcán más pequeño del mundo, el Cuexcomate.
La verdad científica, cuentan los geólogos y vulcanólogos, es que el Cuexcomate surgió de un brote de agua sulfhídrica y lava volcánica a través de un géiser,aproximadamente hace dos mil años. El término proviene del náhuatlcuexcómatl, que significa olla de barro o lugar para guardar ; de hecho, esta formación de la naturaleza es un cono hueco de roca caliza, por esa misma razón a los habitantes circunvecinos se les decía que eran hijos del ombligo del diablo.Se sabe también que antiguamente los cholultecas mantenían sus alimentos dentro del volcán para que estos se conservaran frescos; de igual manera, realizaban sacrificios y múltiples ofrendas para alabar a sus dioses. Tiempo después, se dice que a los cadáveres de los suicidas en Puebla se les arrojaba en el cráter ya que no eran dignos de ser velados ni sepultados.
El pequeño volcán está conectado con el Popocatépetl, así que cuando éste tiene actividad, el agua de aquél tiende a elevarse y calentarse gracias a la presión que hay dentro y a las piedras magnéticas que se hallan en sus entrañas. No obstante lo anterior, el Cuexcomate tiene la característica de ser un volcán inactivo, por ende la gente puede estar en su interior y admirar la pequeña cascada de aguas termales provenientes de una corriente de la Malinche, que a su vez tiene distribuciones en lugares como Agua Azul y Cholula. Además, cuenta con un túnel que lleva al cerro de San Juan (La Paz) y a la pirámide de Cholula; sin embargo, actualmente no hay acceso a este pasadizo ya que con anterioridad se suscitaron varios accidentes
Dato curioso:
Se puede descender al interior del Volcán Cuexcomate dentro del cual se encuentra un nacimiento de agua, que en la actualidad forma una cascada y que aumenta o disminuye en altura dependiendo del estado volcánico del Popocatépetl.